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为增加研究可重复性,科学家呼吁使用统一实验材料编码

为增加生物医学研究的可重复性,有学者提出应该对研究数据的来源和使用进行标准化,这一观点出现在最近一项未经同行评议的F1000 Research论文中。在这一论文中,作者提出应该推广研究资源识别码Research ResourceIdentifier(RRID)的新概念,RRID是指研究中使用的试剂、抗体、生物模型和计算机软件都应该采用标准模式。RRID的概念最早来自NIH在2014年资助的一项初步研究。加州大学圣地亚哥分校Anita Bandrowski负责该研究,对数百篇论文进行了分析。


生物科技文献使用大量试剂、抗体、组织样本和软件工具,但是文章中对这些材料和工具往往缺乏清晰的标注,导致其他学者难以准确把握这些材料。一项研究发现,论文中大约54%的研究资料没有使用统一标记。


许多实验材料没有标准引用格式。果蝇品系ID可用印第安纳大学布卢明顿果蝇种系中心的品系编码,小鼠品系可以从小鼠基因组信息学数据库(MGI)中查找。Bandrowski说,具体操作中,科学家必须去不同数据库来查找每个资源ID,这让他们感到困惑时,也经常会草率标注。


新的RRID使用更简单,每个RRID都集中在中心网站上,作者只需要在这些数据裤中检索自己使用的材料,获取相关的ID,简单点击后就可自动生产标准的文本,作者只需要将这些标准文本黏贴到文章中就可以。


中心数据库具有开放性。如果数据库中没有作者使用的资源,该中心允许作者建立规范的ID编号,例如果蝇的新品系。一旦新的资源ID形成,中心就可以给作者提供标准的RRID编号。


运行一年后,如果采用RRID发表论文的数量超过350篇,其中90%是在神经科学领域的杂志。Bandrowski说,他们将会扩展到其他学科,目前正在和PLoS ONE等综合性期刊协商。如果这些大型综合期刊接受这种方案,这种思路将会产生重要影响。


因为计算机可识别RRID,这对根据研究资料自动排列文献提供了方便。出版大鳄Elsevier已经采用抗体数据对文献进行分类的尝试。目前正准备将这种思路扩展到动物品系和软件。


虽然RRID的概念并不新颖,但这有助于科学研究的精确性和可重复性的重要措施。目前RRID系统中没有细胞系的数据,这是他们将来努力的方向。


原文链接:http://f1000research.com/articles/4-134/v1


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