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ACMG:高通量测序有望作为二线筛查 辅助检测代谢疾病

美国医学遗传学学会(ACMG)的临床遗传学年会于3月24-28日在美国盐湖城举行。加州大学旧金山分校的Robert Nussbaum在会议上表示,高通量的外显子组测序有望作为辅助的筛查检测,发现新生儿的代谢疾病。


四家机构最近发起了一项称为“Newbie Seq(NB Seq)”的计划,致力于探索新生儿测序的方方面面。他们希望将序列数据与质谱图相结合,以减少那些被误认为是患有代谢疾病的健康新生儿数量。


Nussbaum正在评估测序是否能作为手段,来增强代谢疾病的筛查。他认为,目前基于测序的检测并不能满足群体筛查项目的需求,找到在特定疾病上具有风险的个体。在理想情况下,筛查工具应当以低廉的价格提供高通量的结果,通过假阳性低的检测筛查出尽可能多的高危个体。


不过Nussbaum及其同事相信,测序有望作为二线检测,以便在筛查检测结果返回给医生之前减少假阳性的数量。


一般来说,先天性代谢异常的筛查是通过串联质谱的检测来完成的。这种检测关注与脂肪酸代谢疾病相关的十几种氨基酸以及酰基肉碱。尽管质谱筛查的方法已经成熟,但假阳性仍然是个问题,特别是对于NICU的新生儿,他们因为出生体重不足或早产而表现出代谢失衡。


研究小组推断,加入相关基因的序列信息,可能有助于增强NICU中新生儿的筛查特异性。Nussbaum指出,除了有望降低最终报告给医生的假阳性数量,测序和质谱分析可同时开展,而两种类型的数据从理论上加入调整后的筛查算法。


对于NBSeq项目,研究人员计划对1600个血斑样本进行外显子组测序,这些血斑来自于儿童,但去除了识别信息,包括质谱筛查获得了假阳性还是假阴性的结果。这项遗传分析将集中在大约250个基因 – 其中44个在代谢疾病中发挥作用,而数百个基因通过通路分析精确定位。


尽管最初的变异分析是在不知道个体表型的情况下进行的,但研究小组计划最终将基因分型数据与表型数据相关联。


随着测序有望作为二线筛查,研究小组也希望能够更清晰地了解那些参与代谢疾病的变异。至于研究过程中鉴定出的致病变异是否要加入NCBI的ClinVar数据库,目前还有待确定,因为这需要加利福尼亚公共卫生部门的许可。


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