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Nature Methods:高分辨率的测序技术

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悉尼Garvan医学研究所的研究人员在Nature Methods杂志上发表文章展示了一种新测序技术的强大实力。文章指出,CaptureSeq(Capture Sequencing)能够大大提高基因组分析的分辨率,为基础研究和癌症诊断带来革命性的启示。


CaptureSeq结合了基因捕获技术和深度测序,是一种靶向性的RNA测序。该技术的开发者们在这项研究中,用qRT-PCR、RNA-seq和CaptureSeq对20种人类组织的长非编码RNA进行了定量分析。研究表明,CaptureSeq在检测和定量低表达的基因时特别有优势。


之前人们以为人类基因组只含大约两万个基因,这些基因是能够转录成RNA、翻译成蛋白质的DNA片段。编码蛋白的基因只占人类基因组的2%,它们的数量和功能在动物界(从线虫到人)中相对保守的。


后来科学家们意识到,基因组的其他部分含有不编码蛋白质的基因,这些非编码基因建立了能将人类与线虫区分开的复杂性。在人类发育和大脑功能的各个方面,不编码蛋白的基因都执行着重要的调控功能。这些基因大多只在少数细胞中表达或者表达水平很低,因此很难进行研究。


CaptureSeq能够准确检测样本中多个特定基因的活性,对微量和瞬时表达的基因非常灵敏,分辨率比目前的RNA测序高很多。这种测序技术特别适合研究表达量少的非编码基因,在血癌诊断中也有很大的应用前景。


在已知某种疾病的致病基因时,我们就能用CaptureSeq进行检测,通过基因表达情况快速确诊。举例来说,用CaptureSeq在血癌中检测“融合基因”的出现,能够为这种疾病的诊断和治疗带来很大的帮助。


融合基因出现在20-30%的癌症中,而白血病大约有200个已知的融合基因。目前,医生们主要是用扩增技术来检测白血病疑似患者。但这样的技术一次只能检测一个融合基因,极少有患者检测了所有的白血病融合基因。用CaptureSeq同时检测这些融合基因,不仅能节省时间和金钱,还可以挽救患者的生命。此外,CaptureSeq也能用于一系列实体瘤和许多其他的疾病。


原文链接:Quantitative gene profiling of long noncoding RNAs with targeted RNA sequencing


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